菌脱硫（Bacterial desulfurization）又称生物浸硫法，即利用嗜硫杆菌能够加速黄铁矿氧化而达到脱硫的过程。脱硫速度与供氧量、水量、水质、温度和酸碱度有关，与黄铁矿的粒度、晶体亦有关。
化学原理
嗜硫杆菌生长在酸性环境中，较适宜的生长条件为温度308 K，pH值2～3。通常认为，黄铁矿氧化过程的首步是纯化学性的，即细菌没有参与作用，其反应式为：
2FeS2+2H2O+7O2=2FeSO4+2H2SO4
由上述反应获得的硫酸亚铁和硫酸，被亚铁氧化硫代杆菌所利用，它们将亚铁离子氧化成三价铁离子，即
4FeSO4+O2+2H2SO4=Fe2(SO4)3+2H2O
三价硫酸铁可与黄铁矿再起作用，使黄铁矿的氧化作用继续进行下去。硫代氧化硫代杆菌在黄铁矿氧化过程中的作用是氧化元素硫，使其成为硫酸，即：
2S+3O2+2H2O=4H+2SO4
这种硫酸可以在亚铁氧化硫代杆菌作用下使亚铁离子很快氧化成三价铁离子。影响细菌脱硫速度的因素有供氧 量、水量、水质、温度和pH值，此外还与 黄铁矿的粒度和晶体结构有关
